Сеть для игры в «Дуэльных монстров» под названием Link Vrains стремительно обрела популярность. Много лет назад хакерская организация «Рыцари Ханоя» осуществила атаку на Link Vrains, чтобы уничтожить программу искусственного интеллекта Cyberse. Однако план провалился, его создатели залегли на дно, а Cyberse был спрятан где-то в недрах сети. Спустя 5 лет старшеклассник Юсаку Фудзики во время дуэли в Link Vrains сталкивается со странной программой искусственного интеллекта.